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获得氢气的方法有两大类，一是通过体内细菌产生，二是通过体外补充，包括补充可释放氢气的材料。发酵碳水化合物的厌氧菌可以产生氢气，，其中产生氢气的细菌是容易受到影响的类型。不能被胃和小肠吸收食物和药品将被送到结肠，在那里细菌能够产生各种气体，包括氢气。研究人员发现，摄取卡波糖、变性淀粉、牛奶、姜黄素和乳果糖，食品原料如棉籽油、糖、乳糖、山梨醇、甘露醇、壳聚糖、可溶性纤维等，都能有助于肠细菌能够产生大量的氢气。氢可以被其他细菌利用，也可以被肠粘膜吸收进入血液循环运输到肝脏和全身。

有已部分研究发现，来自肠道细菌产生的氢气也能产生疾病治疗作用。但是利用肠道细菌产生氢气对人体的作用，长期影响，还需要研究。因为肠道内不仅存在产生氢气的细菌，也存在多种利用氢气的细菌，如合成甲烷产甲烷菌，产生硫化氢和乙酸的相应菌群。产氢气代谢增强必然引起消耗氢气的代谢发生链式反应，这方面可以通过呼吸气体中甲烷水平的分析进行研究。

外源性补充氢气相对影响因素小，也是目前主流的氢气治疗疾病研究的给氢气方式。其中比较常见的是吸入氢气、饮用氢水或注射氢气溶液，也有洗氢水澡通过皮肤使用和摄取氢气，当然口服可以产生氢气食品也是一种方式。俄罗斯学者认为，氢气生理盐水注射对氢气医学研究做出了的学术贡献，这种方法能快速获得剂量，这有利于氢气效应的分析。这种方法进入临床应用仍然需要更多基础和临床研究。饮用氢水是比较容易实现的技术，过去曾经担心氢气溶解度小这种方法难以获得足够多剂量，但是大量研究结果表明，饮用氢水能达到氢气摄入剂量。饮用氢水后氢气可快速扩散到血液，这是氢水产生效果的基础。